昌吉高新区前身为成立于1992年的昌吉经济技术开发区，2000年批准为省级高新区，主要发展区域为昌吉市乌伊公路以南、长宁南路以西11.26平方公里。2006年，经州市党委、政府决定，将昌吉工业园榆树沟区域34平方公里的三角地带作为昌吉高新区拓展区发展工业项目。2010年9月，经国务院批准升格为国家级高新区。2012年，经州党委、政府研究决定，将榆树沟镇纳入高新区规划范围，目前辖区总面积为426平方公里，其中起步区34平方公里、近中期规划建设面积54平方公里。